Интелектуалната мрежа беше в безпорядък през по-голямата част от последното десетилетие, което отразява текущото състояние на по-широкото либерално и прогресивно ислямско движение в Индонезия. Старата гвардия, представена от заведенията в рамките на Nahdlatul Ulama (NU) и Muhammadiyah, е изправена пред кооптиране на елита, докато търси достъп до държавни ресурси, като същевременно се бори с идеологически предизвикателства от по-млади членове, свързани с прогресивни, леви и екологични ислямски групи като Ислам Бергерак и Зелените кадри на Muhammadiyah (Kader Hijau Muhammadiyah).
Това идеологическо разделение затрудни бившите фигури на JIL – и прогресивното ислямско движение в Индонезия като цяло – не само да прокарват интересите на уммата (мюсюлманската общност), но и ефективно да обърнат вълната срещу ислямския консерватизъм.
Учените приписват упадъка на JIL на неговите „стратегии за тестване на границите“, неговия елитаризъм и по-широкия „консервативен завой“ на Индонезия. Идеологически, докато всички мислители на JIL твърдят, че подкрепят гражданските свободи по въпросите на религията, те не споделят нищо друго. Някои са убедени либертарианци и защитници на свободния пазар; други клонят към демократичния социализъм и дори могат да бъдат описани като „либерално ляво“.
Въпреки че JIL вече не проектира последователна „либерална“ идентичност, нейните отделни членове продължават да оформят ислямския дискурс чрез своя активизъм и съответните платформи. Някои бивши фигури от JIL са водещи на либералния YouTube канал Cokro TV; други заемат ръководни или членски позиции в организации като NU или Индонезийската демократична партия на борбата (PDI-P). Тяхната известност обаче не направи много за съживяване на институционалната съгласуваност. Ако не друго, тези идеологически различия ускориха падането на JIL в неуместност в либералното движение на Индонезия.